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Los orígenes del Cusco se pierden en la noche de los tiempos. Excavaciones arqueológicas nos hacen saber que el valle cusqueño (salvo su fondo, entonces pantanoso) ya estaba habitado por pobladores primitivos hace cerca de tres milenios las culturas, se tiene información documentada de las culturas de Chanapata y Marcavalle, sus construcciones incluso sirvieron como base para los templos incas como el Q´orycancha o Templo del Sol. 

Hay mucha leyendas sobre el origen del Tawantinsuyo, una ellas cuenta que hacia el siglo XII, emergieron de las aguas del lago Titicaca, Manco Cápac y su hermana y esposa Mama Ocllo, semidioses e hijos del padre Inti (el dios Sol), con la misión de fundar un nuevo reino que mejorara las condiciones de vida de los pueblos. Manco Cápac y Mama Ocllo tendrían que caminar hasta encontrar un lugar en la tierra en donde se hundiera el gran cetro de oro que portaba Manco Cápac, caminaron al norte y llegaron hasta Pacárec Tampu (Pacaritambo) en donde descansaron en una pequeña cueva; al amanecer continuaron hacia el norte hasta llegar al cerro Huanacaure y allí se hundió el cetro, y fundó la ciudad de Cusco (voz quechua: el ombligo del mundo). Lo cierto es que las culturas del Altiplano como Wari y Tiahuanaco tuvieron gran influencia en la Cultura Inka, los primeros pobladores formaron el Hanan Cusco con tecnología agrícola y arquitectura mas desarbolada. Habitantes de otras comarcas enterados de los sucesos se plegaron, y así se inició el Tahuantisuyo, el gran imperio de los Incas, cuyos límites, tras 14 sucesores de linaje real, llegaron hasta Colombia por el norte, y el norte de Chile y Argentina por el sur; como capital alcanzó su máximo esplendor la ciudad de Cusco.

De los primeros Incas se sabe poco más que nombres y leyendas siendo llamados Incas Míticos, más información nos ha quedado a partir de Pachacútec (El que remueve la tierra) (1448-1471), el gran conquistador, quien además transformó Cusco, reconstruyéndolo, la mayoría de los monumentos arqueológicos que hoy conocemos en el Cusco fueron obra suya. Su hijo Tupac Llupanki fue un gran conquistador, su nieto Waynacapac le dio esplendor al imperio, sus bisnietos Huáscar y Atahuallpa, se enfrascaron en luchas internas hasta la llegada de los españoles y ocuparon la cuidad en 1533, gracias al apoyo de los pueblos dominados por los Incas, que vieron en los españoles sus libertadores, siendo finalmente sometidos también por la corona española. En esta época Cusco era una ciudad de admirable arquitectura en piedra con amplias plazas, grandes templos y palacios decorados con abundantes piezas de oro. Muchas de estas colosales construcciones han quedado para la eternidad.